In Eisingen herrscht ein reges kirchliches Leben durch die katholische und evangelische Kirchengemeinde, die für etwa 2.500 katholische Christen und für etwa 550 evangelische Christen zuständig sind.

• In der katholischen Pfarrkirche St. Nikolaus befindet sich das von dem berühmten Würzburger Bildhauer und Bildschnitzer Tilman Riemenschneider geschaffene Kruzifix, das Eisinger Riemenschneiderkreuz.
• Das evangelische Gemeindezentrum mit der Philippuskirche wurde 1998 für die evangelischen Christen aus Eisingen, Kist und Waldbrunn gebaut.
• Mit der St. Josefskirche im St. Josefs-Stift gibt es im Ort insgesamt drei Kirchen.